IWC on perustettu 56 vuotta sitten säätelemään valaiden pyyntiä. Vuonna 1986 komissio äänesti voimaan kaupallisen valaanpynnin kieltävän sopimuksen. Tämän sopimuksen myötä valaanpyynti on tällä hetkellä sallittu ainoastaan tieteellisiin tarkoituksiin ja joillekin alkuperäiskansoille. Valaiden suojelijat ovat kritisoineet tieteellistä pyyntiä, sillä tieteellisiin pyynnin nimissä hankittu valaanliha päätyy Norjassa ja Japanissa ravintoloihin ja kauppoihin. Tieteellistä valaanpyyntiä harjoittavat maat haluaisivat puolestaa kasvattaa pyyntikiintiöitä vedoten tutkimuksiin valaskantojen vahvistumisesta. Suojelijat ovat kritisoineet myös alkuperäiskansojen pyyntioikeuksia väittäen pyynnin kohdistuvan uhanalaisiin lajeihin.
IWC:n tämän vuotisessa kokouksessa käsiteltiin Japanin anomus tieteellisten pyyntikiintiöiden kasvattamisesta. Japani halusi vuosikiintiöönsä mm. oikeuden pyytää 150 lahtivalasta, mikä on 50 enemmän kuin tähän mennessä, ja ottaa pyydettävien listalle seitivalaan, joka on suojelijoidan mukaan vaarantunut laji. Japani ei kuitenkaan saanut lisäysehdotukselleen vaadittavaa kannatusta. IWC:n valaanpyyntiä vastustavat maat ovat väittäneet Japanin lahjovan kehitysmaita liittymään valaanpyyntikomissioon ja äänestämääm Japanin esitysten puolesta.
Tieteellistä valaapyyntiä harjoittavia maita syytettiin kokouksessa yhteistyöhaluttomuudesta ja uusien suojeluhankkeiden kaatamisesta. Ehdotukset uusien rauhoitusalueiden perustamisesta eteläiselle Atlantille ja Tyynelle Valtamerelle eivät saaneet taakseen tarvittavaa kolmea neljäsosaa äänistä. Japani vastusti ehdotuksia, koska sen mukaan valaat eivät tarvitse lisäsuojelua kaupallisen pyynnin kieltävän sopimksen lisäksi. Islanti erosi IWC:stä vuonna 1992 vastalauseena kaupallisen valaanpyynni kieltävälle sopimukselle ja halusi nyt uudestaan mukaan. Se ei kuitenkaan saanut tuekseen tarvittavaa äänimäärää.